Na Divisão de Cirurgia Digestiva doenças do esôfago e do estômago constituem a maior demanda de tratamento cirúrgico entre nos pacientes com doenças do tubo digestivo.
Por muitos anos, a partir da criação do Departamento de Cirurgia da FMRP-USP em 1954, a cirurgia do esôfago ficou a cargo da Divisão de Cirurgia Torácica e Cardiovascular sob a coordenação do Prof. Ruy Ferreira-Santos. Nesta fase a alta prevalência de megaesôfago chagásico correlacionava-se com o maior número de cirurgias afins e com o maior foco das pesquisas, o que resultou em novas modalidades de técnicas para o tratamento cirúrgico do megaesôfago. Em 1955 o Prof. Câmara-Lopes introduziu a esofagectomia subtotal em dois tempos no tratamento do megaesôfago avançado com esofagogastrostomia cervical transmediastinal anterior, e em 1963 o Prof. Ferreira-Santos modificou-a realizando esofagectomia subtotal com esofagogastroplastia cervical transmediastinal posterior em tempo único, técnicas essas que tiveram divulgação em todo o Brasil e em outros países; anos mais tarde o Prof. Albert Amin Sader introduziu modificação na cardiotomia de Thal ).
A cirurgia do esôfago passou a ser realizada também na Divisão de Cirurgia Geral a partir de 1972, e prioritariamente na Divisão de Cirurgia Digestiva a partir da década de oitenta. Sob a coordenação do Prof. Ceneviva a Divisão de Cirurgia Digestiva passou a adotar como opção preferencial para o megaesôfago avançado a técnica transmediastinal de Pinotti para a remoção do esôfago sob visão direta sem toracotomia, e para o megaesôfago não avançado a cardiomiotomia à Heller com modificação da fundoplicatura por Pinotti e colaboradores, por via laparoscópica.
Paralelamente à diminuição da prevalência do megaesôfago chagásico houve aumento da proporção de cirurgias para acalásia idiopática da cárdia e das neoplasias malignas do esôfago, concomitantemente aos avanços no diagnóstico e tratamento endoscópico e/ou cirúrgico precoce das lesões pré-cancerosas do esôfago, o que atualmente corresponde aos objetivos primordiais da equipe.