A Seção de Endoscopia em sua unidade central do Hospital das Clínicas possui três salas de exames nas dimensões (3,87 x 5,65), (5,0 x 5,65) e (5,0 x 5,0) metros, uma sala de preparo e recuperação de 3,0 x 5,6 metros, uma secretaria e balcão de atendimento dos pacientes.
Cada sala de exames possui uma torre ligada a fonte de oxigênio, ar comprimido e aspirador. Armários para armazenamento de materiais de limpeza, aparelhos, pinças, e demais acessórios para diagnóstico e terapêutica endoscópica. Trata-se de instalações acanhadas, limitadas e inadequadas que não satisfazem os requisitos da Agência Nacional de Vigilância Sanitária e impede o reconhecimento do serviço como Centro de Treinamento pela Sociedade Brasileira de Endoscopia Digestiva. Há vários anos procura-se sanar essas deficiências, com projeto de novas instalações desde treze de março de 2003, com possível implantação em 2009.
Na Unidade Especial de Tratamento de Doenças Infecto-Contagiosas do Hospital das Clínicas tem outra sala de cerca de 4×4 metros, dotada das mesmas facilidades e, na Unidade de Emergência do Hospital, situada no centro da cidade, à Rua Bernardino de Campos 1000, há sala de 5×5 reservada para os exames de urgência com as mesmas facilidades.